เดิมชื่อ “วัดสะแก” เป็นวัดโบราณสมัยกรุงศรีอยุธยา จัดเป็นวัดอารามหลวง ชั้นโท ชนิดราชวรมหาวิหาร ตั้งอยู่ในเขตป้อมปราบศัตรูพ่าย เป็นวัดสวย แห่งเกาะรัตนโกสินทร์ ที่มีความวิจิตรงดงาม มีพระเจดีย์ สีทองสูงเด่นเป็น
สง่าเหลืองอร่ามอยู่ท่ามใจกลางกรุงเทพมหานคร พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์และขุดคลองรอบพระอาราม ทรงพระราชทานนามใหม่่ว่า “วัดสระเกศ” แปลว่า ชำระพระเกศา สืบเนื่องเมื่อทำพิธีพระกระยาสนาน(อาบน้ำ)ครั้งเสด็จกรีธาทัพกลับจากกัมพูชามาปราบจลาจลในกรุงธนบุรีและเสด็จขึ้นเถลิงถวัลยราชสมบัติในปี พ.ศ. 2325 อดีตกล่าวกันว่าช่วงสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ 2 เกิดโรคห่า (อหิวาตกโรค) ระบาดหนักในกรุงเทพมหานคร ทรงโปรดให้จัดพิธีขับไล่โรคขึ้น เรียกว่า “พิธีอาพาธพินาศ” ณ พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท เนื่องจากยังไม่มียารักษาและวิธี ป้องกัน ชาวบ้านล้มตายหลายหมื่นคน มีแร้งจำนวนมากลงมากัดทึ้งกิน จนให้มีคำพูด ติดปากกันว่า “แร้งวัดสระเกศ” วัดภูเขาทอง เป็นชื่อที่นิยมเรียกวัดสระเกศอีกอย่างหนึ่ง ด้วยมีพระเจดีย์ “ภูเขาทอง”หรือ”บรมบรรพต”สร้างขึ้นสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวเพื่อบรรจุพระบรมสารีริกธาตุอันได้รับจากประเทศอินเดียซึ่งขุดจากเนินพระเจดีย์เก่าใน เมืองกบิลพัสดุ์ เป็นปูชนียสถานและสัญลักษณ์อยู่คู่วัดสระเกศ อีกทั้งยังถือเป็น
สะดือเมืองในทุกๆปีช่วงเทศกาลลอยกระทงจะมีงานเฉลิมฉลองเจ็ดวันเจ็ดคืนกลายเป็นประเพณีนมัสการพระบรมสารีริกธาตุสืบต่อมาจนถึงปัจจุบันอันเป็นพิธีศักดิ์สิทธิ์และเสริมสร้างความเป็นสิริมงคลแก่บ้านเมืองพระประธานประจำพระอุโบสถเป็นพระพุทธรูปปูนปั้น ปางสมาธิ ลงรัก ปิดทอง ซึ่งเป็น ที่เลื่อมใสและยึดเหนี่ยวจิตใจของพุทธศาสนิกชน ในวันที่ 14 เมษายน 2565 พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ
พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 10 แห่งบรมราชจักรีวงศ์ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนาม พระประธานประจำพระอุโบสถดังกล่าวว่า “พระพุทธมงคลชินสีห์วชิรมุนี”